Con l’operatività del Registro unico nazionale del terzo settore, anche le Onlus saranno chiamate ad operare una scelta, ai fini dell’acquisizione della qualifica di Ente del Terzo Settore. La qualifica di ONLUS, infatti, non ricompresa tra le sette sezioni da cui sarà composto il RUNTS, verrà meno a partire dal periodo di imposta successivo all’autorizzazione della Commissione UE sulle nuove misure fiscali (Art. 104 CTS). Le Onlus che non entreranno a far parte del RUNTS dovranno sciogliersi e devolvere il loro patrimonio residuo ad altra associazione non lucrativa.